La plate-forme informatique aide à associer les patients atteints de cancer aux essais de thérapie ciblée : MatchMiner réduit le temps nécessaire pour identifier les essais de médecine de précision appropriés pour chaque patient

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Alors que de plus en plus de patients atteints de cancer voient leurs tumeurs profilées génomiquement et que de plus en plus de thérapies ciblant les altérations génomiques entrent dans les essais cliniques, la tâche de connecter les patients aux essais auxquels ils sont éligibles peut être particulièrement difficile. Une plate-forme informatique développée au Dana-Farber Cancer Institute rend le processus d’appariement à la fois plus facile et plus rapide, rapportent ses concepteurs dans une nouvelle étude.

Appelée MatchMiner, la plateforme aide les cliniciens et les chercheurs cliniques à trouver des correspondances potentielles entre les patients et des essais thérapeutiques ciblés basés sur des altérations génétiques dans les tumeurs des patients. Au cours d’une période de cinq ans à Dana-Farber, cela a aidé à obtenir environ un consentement sur cinq pour participer à des essais de médecine de précision parmi des patients disposant de données génomiques dans MatchMiner. Il a également accéléré le processus d’inscription des patients dans de tels essais de plus de 20%, selon les auteurs de l’étude, publiée dans npj Oncologie de précisiontrouvé.

« Le profilage des tumeurs des patients pour les altérations génomiques est devenu une partie répandue des soins contre le cancer, d’autant plus que de nouveaux médicaments ciblant ces altérations font l’objet d’essais cliniques ou sont approuvés comme thérapies contre le cancer », déclare Tali Mazor, PhD, co-auteur principal de l’article avec Harry Klein, PhD, collègue de Dana-Farber. « La combinaison de ce corpus croissant de données génomiques et du nombre croissant d’essais de médecine de précision a créé une sorte de déconnexion : trouver le bon essai pour chaque patient peut être une tâche difficile. MatchMiner aide à combler cet écart.

La plate-forme, développée par le Knowledge Systems Group de Dana-Farber dirigé par Ethan Cerami, PhD, et Michael Hassett, MD, MPH, s’appuie sur les vastes programmes de Dana-Farber en analyse génomique et en recherche clinique. Au cours de la dernière décennie, plus de 40 000 patients de l’Institut ont fait analyser leur tissu tumoral pour détecter des altérations dans plus de 400 gènes liés au cancer. L’Institut et ses partenaires mènent ou participent à des milliers d’essais cliniques, dont environ 450 impliquant des thérapies ciblées depuis 2017. MatchMiner, qui a été lancé en 2016, relie ces systèmes pour aider à associer les patients aux essais appropriés.

« MatchMiner peut être utilisé par un oncologue ou un autre clinicien pour rechercher des options d’essai pour un patient individuel », fait remarquer Klein. « Ou il peut être utilisé par une équipe d’essai pour identifier les participants potentiels à l’essai en mettant en place un filtre génomique qui sélectionne les candidats selon des critères génomiques spécifiques. »

Contrairement à la plupart des autres plateformes d’appariement, qui sont conçues pour être utilisées dans un seul centre de cancérologie, MatchMiner est open source et peut être adapté par d’autres institutions. Alors que de nouveaux essais s’ouvrent à Dana-Farber, un conservateur les examine pour voir s’ils doivent être inclus dans MatchMiner, en s’assurant que la plate-forme est à jour. En mars 2021, 354 essais de médecine de précision étaient intégrés dans MatchMiner.

Dans le nouvel article, les enquêteurs ont analysé les données d’inscription pour les essais de médecine de précision à Dana-Farber afin de déterminer si MatchMiner a accéléré le processus de recherche d’un essai approprié pour les patients dont les tumeurs avaient été profilées génomiquement. Les chercheurs ont trouvé 166 cas dans lesquels la plateforme a identifié une correspondance potentielle entre un patient et un essai, et l’équipe d’essai ou l’oncologue du patient a vu la correspondance, ce qui a conduit le patient à consentir à participer à l’essai.

Pour mieux évaluer l’impact de la plateforme, les enquêteurs ont comparé le « délai de consentement » — le temps entre le profilage génétique d’une tumeur et le consentement du patient à participer à l’essai — pour les 166 consentements obtenus via MatchMiner et pour 353 consentements obtenu sans la plateforme. « Nous avons constaté que le délai de consentement pour le groupe MatchMiner était 55 jours plus rapide que pour le groupe non MatchMiner, soit une amélioration de 22 % », déclare Klein.

MatchMiner relie les patients aux essais non seulement en fonction des caractéristiques moléculaires de la tumeur du patient, mais également en fonction de l’âge du patient et du type de tumeur. D’autres critères d’essai, tels que le stade de la tumeur, le traitement antérieur et l’état de santé général du patient ne sont pas pris en compte pour une correspondance patient-essai. En conséquence, les correspondances proposées par MatchMiner sont préliminaires et doivent être suivies pour s’assurer que les patients répondent à tous les critères de l’essai, affirment les chercheurs.

« MatchMiner fournit un point de départ pour trouver des essais appropriés pour les patients dont les tumeurs présentent des altérations génétiques définies », déclare Mazor. Les concepteurs de la plate-forme travailleront à étendre ses capacités pour faire une correspondance plus complète, ajoute-t-elle. Grâce à une collaboration avec Kenneth Kehl, MD, MPH, MatchMiner teste des prédictions basées sur l’IA pour mieux identifier les patients qui pourraient bientôt avoir besoin d’une nouvelle option thérapeutique comme un essai clinique.

MatchMiner est disponible pour adoption dans d’autres institutions.

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