Des gènes alimentant la résistance aux antibiotiques lors d’une épidémie de choléra au Yémen découverts

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Les scientifiques ont identifié la source de la résistance aux antibiotiques apparue au sein des bactéries à l’origine de l’épidémie de choléra en cours au Yémen.

Les résultats, publiés aujourd’hui (28 septembre) dans Microbiologie naturellesoulignent l’importance d’une surveillance génomique continue des agents pathogènes pour surveiller l’émergence de souches multirésistantes.

L’épidémie de choléra au Yémen est la plus importante de l’histoire moderne, responsable de plus de 2,5 millions de cas et d’au moins 4 000 décès depuis 2016. Le choléra est une maladie infectieuse causée par certaines souches – types génétiques – de bactéries connues sous le nom de Vibrio cholérique (V. cholérae) à potentiel épidémique.

Les antibiotiques contribuent à raccourcir la durée de la maladie, ce qui signifie que le patient est moins susceptible de subir des conséquences graves et reste transmissible moins longtemps, réduisant ainsi le risque de propagation à d’autres. Les macrolides, une classe d’antibiotiques, étaient largement utilisés au Yémen jusqu’au début de l’année 2019 pour traiter les cas modérés à graves de choléra chez les femmes enceintes et les enfants, qui représentaient un nombre important de cas.

Cependant, à partir de 2018, les professionnels de santé ont observé une tendance inquiétante : les patients ne répondaient plus à ces traitements antibiotiques de première ligne.

Dans cette nouvelle étude, des chercheurs du Wellcome Sanger Institute, de l’Université de Toronto, de l’Institut Pasteur et de l’Université de Sana’a et leurs collaborateurs ont entrepris de découvrir les raisons de cette résistance croissante aux médicaments, en analysant 260 V. cholérae Échantillons d’ADN collectés au Yémen entre 2016 et 2019.

L’équipe a découvert qu’un type de V. cholérae contenant des éléments génétiques multirésistants est devenu le principal agent pathogène pendant la période d’épidémie au Yémen, probablement en raison de l’utilisation généralisée d’antibiotiques à l’époque.

Ils ont identifié la présence d’un nouveau plasmide — une petite molécule d’ADN circulaire — dans toutes les épidémies. V. cholérae échantillons testés depuis novembre 2018. Ce plasmide a introduit des gènes codant pour la résistance à plusieurs antibiotiques utilisés en clinique, y compris les macrolides.

Les chercheurs ont également découvert le plasmide multirésistant dans des populations locales et endémiques. V. cholérae souches non associées à la maladie du choléra elle-même, ce qui suggère que ces différentes souches étaient capables d’échanger des plasmides dotés de capacités de résistance aux antibiotiques. La forte pression sélective créée par l’utilisation intensive d’antibiotiques à l’époque a été à l’origine de ce processus, ajoutent-ils.

La stabilité du plasmide dans V. cholérae défie les mécanismes habituels qui l’auraient éliminé. Cette résilience fait de cette pression un facteur préoccupant dans le contexte de futures épidémies de choléra.

Le Dr Florent Lassalle, premier auteur de l’étude au Wellcome Sanger Institute, a déclaré : « Ce type d’agent pathogène du choléra était déjà très efficace avant 2019, provoquant la plus grande épidémie de choléra de l’histoire enregistrée. de la sélection des médicaments. Ce que nous avons montré est l’émergence étonnamment stable d’un nouveau type d’agent pathogène du choléra qui combine les outils pathogènes d’une souche épidémique avec les outils persistants d’autres. Cette situation appelle davantage de recherches sur l’évolution des génomes bactériens. Avec une meilleure compréhension de la façon dont V. cholérae évolue et sa capacité à provoquer des épidémies, nous pouvons améliorer les stratégies pour la combattre. »

Le professeur François-Xavier Weill et le Dr Marie-Laure Quilici, tous deux auteurs principaux de l’étude à l’Institut Pasteur de Paris, ont déclaré : « Cette souche du choléra, qui a également été trouvée dans la région de l’Afrique du Sud-Est, a la capacité de capter des plasmides porteurs d’une multirésistance aux médicaments. Ce comportement inattendu constitue une nouvelle menace pour le contrôle du choléra et doit être pleinement compris avant que nous puissions développer des stratégies d’atténuation efficaces.

Le Dr Abdul-Elah Al-Harazi, auteur principal de l’étude et directeur du Centre national des laboratoires de santé publique du Yémen, a déclaré : « La propagation mondiale actuelle de cette souche résiliente du choléra est profondément préoccupante. Mener cette étude a été particulièrement difficile en raison au conflit en cours au Yémen. Néanmoins, il s’agissait d’un effort de collaboration impliquant plusieurs institutions de divers pays, visant à découvrir les causes sous-jacentes du choléra. La mesure ultime du succès de notre étude, au-delà des observations critiques que nous avons faites collectivement, réside dans la réalisation notre expertise collective, nos processus et nos connaissances accessibles à ceux qui en ont le plus besoin. Cela a été démontré lors de notre récent symposium, réunissant ceux du monde entier pour accélérer notre réponse contre les maladies infectieuses. Cela reste notre objectif commun, qui nécessite encore plus Il ressort clairement de nos résultats que sans données plus précises, il est peu probable que cet agent pathogène soit éradiqué de si tôt. Cependant, avec de meilleures données, nous pouvons susciter des changements fondamentaux qui amélioreront considérablement la santé publique sur le terrain. »

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