La résistance aux antimicrobiens survient lorsque les bactéries, virus, champignons et parasites évoluent au fil du temps et ne répondent plus aux médicaments et produits chimiques que nous utilisons pour les tuer. Ces « supermicrobes » rendent les infections plus difficiles à traiter et augmentent le risque de propagation de maladies, de maladies graves et de décès.

Sans intervention significative, le nombre annuel de décès dus à la résistance aux antimicrobiens dans le monde devrait atteindre 10 millions d’ici 2050, les pays à revenu faible ou intermédiaire supportant le fardeau le plus lourd.

La nouvelle étude, Surveillance génomique de la résistance aux antimicrobiens — une perspective One Health, publiée dans Nature examine la génétiquesouligne la nécessité d’une approche multiforme « One Health » pour la surveillance de la résistance aux antimicrobiens dans l’environnement.

La recherche a été dirigée par le professeur distingué Steven Djordjevic de l’Institut australien de microbiologie et d’infection de l’Université de technologie de Sydney, en collaboration avec des chercheurs de l’Université de Melbourne et de l’Université d’Australie du Sud.

« La résistance aux antimicrobiens est une menace complexe et mondiale qui nécessite une collaboration à grande échelle, coordonnée et interdisciplinaire pour être combattue », a déclaré le professeur Djordjevic.

« Comprendre l’évolution, l’émergence et la propagation de la résistance aux antimicrobiens au sein et entre les humains, les animaux, les plantes et les environnements naturels est essentiel pour atténuer les impacts colossaux associés à ce phénomène. »

L’utilisation du traçage génomique pendant la pandémie de Covid-19 a donné un aperçu du potentiel des technologies génomiques pour surveiller le développement et la propagation des gènes et mutations antimicrobiens.

« La résistance aux antimicrobiens peut survenir lorsque des micro-organismes acquièrent des informations génétiques, soit par mutation, recombinaison ou transfert de gènes de résistance aux antibiotiques à partir du pool génétique bactérien », a déclaré le professeur Erica Donner de l’Université d’Australie du Sud.

« Les technologies génomiques, combinées à l’IA et à l’apprentissage automatique, constituent de puissantes plates-formes pour déterminer les tendances en matière de résistance. Elles peuvent identifier les cas où les microbes et leur matériel génétique se déplacent entre différents environnements, évaluant ainsi l’impact des stratégies d’intervention.

« L’évolution de la résistance aux antimicrobiens est un processus complexe qui comprend l’utilisation excessive et abusive d’antibiotiques, de métaux et de désinfectants en médecine et en agriculture, ainsi que des normes très variables en matière d’eau, d’assainissement et d’hygiène. »

Le document est un appel à l’action pour les décideurs politiques, soulignant la nécessité d’établir des programmes nationaux de surveillance génomique couvrant les secteurs de la santé humaine, de la santé animale, de l’agriculture, de l’alimentation et de la gestion environnementale et de partager les données aux niveaux national et international.

« L’utilisation de la technologie de la génomique microbienne dans le contexte d’une intégration intersectorielle efficace des données améliorera la compréhension de l’émergence et de la propagation de la résistance aux antimicrobiens au sein et entre ces secteurs et permettra d’identifier des interventions ciblées », a déclaré le professeur Ben Howden de l’Université de Melbourne.

Les chercheurs fournissent des recommandations pratiques pour mettre en œuvre des stratégies de surveillance et d’atténuation basées sur la génomique et soulignent la nécessité de solutions équitables permettant l’intégration de partenaires de pays à revenu faible ou intermédiaire.

Les recommandations comprennent :

• Établir un programme national de surveillance de la résistance aux antimicrobiens One Health intégrant la génomique
• Accroître la sensibilisation et l’éducation sur la résistance aux antimicrobiens et favoriser la collaboration
• Renforcer la capacité des laboratoires dans les pays à revenu faible et intermédiaire
• Encourager la recherche et l’innovation
• Renforcer la réglementation et la surveillance dans le secteur agricole
• Améliorer la gestion des antibiotiques

« La nature évolutive de la résistance aux antimicrobiens en fait une menace en constante évolution. Il n’y a pas de solution facile, mais une surveillance génomique continue peut nous aider à mieux comprendre et atténuer ce défi sanitaire mondial », a déclaré le professeur Djordjevic.